С момента передачи функций уголовно-исполнительной системы из ведения Министерства внутренних дел РФ в Министерство юстиции РФ берет свое начало история финансового отдела регионального УФСИН. В апреле 1999 года создана финансовая группа в составе двух человек в связи с увеличением объема возложенных функций и задач по финансовому планированию и обеспечению подведомственных подразделений, с увеличением штатной численности в 2000 году финансовая группа преобразована в отделение.